1、建築與土木工程領域：建築與土木工程是國家最早批準開展工程碩士培養的領域之一，隸屬我院土木工程一級學科，研究方向涉及岩土工程、結構工程、橋梁與隧道工程、防災減災與防護工程、市政環境工程、港口航道工程、地質勘探工程、水利水電工程、工程建造與項目管理等學科範疇。從1998年起，建築與土木工程領域依托岩土工程國家重點學科、土木工程江蘇省優勢學科以及研究所、實驗中心的科研實力，為交通能源、房屋建築、橋梁隧道、港口航道、水利水電、地質勘測等行業培養了大批的工程建設、勘測設計與項目管理人才。2010年被評為全國60所創新院校的創新工程領域，具有良好的社會影響力。
2、交通運輸工程領域：交通工程一級學科涵蓋道路與鐵道工程、交通運輸規劃與管理、交通控制與信息以及載運工具應用4個二級學科。2000年河海大學被授權建立交通運輸規劃與管理碩士點，2006年被批準在交通運輸工程領域培養工程碩士。交通運輸工程領域研究方向涉及公路、橋梁、港口、水運、鐵路、隧道、市政、航空等交通設施建設、交通規劃設計與交通管理等行業。依托學院優勢學科和學科建設創新平台，先後獲國家科技進步一等獎和江蘇省科技進步特等獎等。該領域為交通運輸、市政建設、港口航道及土木工程建設等行業培養了一批高層次、複合型、應用型工程技術與工程管理人才。