土木工程專業為國家特色專業建設點、江蘇省首批品牌專業，2009年通過國家高等教育教學評估第3輪專業評估，并獲得8年有效期資格，學曆國際認可。設有土木工程博士後流動站，擁有土木工程一級博士學位授予權，岩土工程、結構工程、防災減災與防護工程、橋梁與隧道工程等四個二級學科博士及碩士學位授予權。岩土工程為國家重點學科，結構工程為江蘇省重點學科。
土木工程為我校與法國裡爾科技大學和杜埃礦業學院工程師項目中共同培養專業，在大二學生中選拔的優秀學生赴法國學習兩年，完成法方規定課程後，頒發法國工程師學位證書。回河海大學進行一年半的碩士課程學習及論文研究工作，經審核達到培養要求者可頒發河海大學碩士畢業證書、碩士學位證書。
土木工程專業本科生分建築工程、地下建築與工程、橋梁工程、隧道與城市軌道工程四個專業方向進行培養。學生畢業後可在房屋建築、地下建築與工程、橋梁工程、隧道與城市軌道工程等土木工程領域從事設計、施工、管理、投資、房地産開發工作；在科研和教育等部門從事技術或管理工作。長期以來畢業生就業率達99%，讀研率達40%以上。